На заседании 1 апреля в 18.30, в ауд. 14-08 главного здания МГУ состоится доклад академика А.И. Григорьева, чл.-корр. А.Д. Каприна, чл.-корр. А.Г. Тоневицкого, к.ф.-м.н. В.В. Галатенко «Построение транскриптомных тест-систем с максимальной совокупной информативностью».
Аннотация: В докладе планируется напомнить понятие медицинской транскриптомной тест-системы, кратко обсудить клинические приложения транскриптомных тест-систем, описать существующие подходы к построению транскриптомных тест-систем (базирующиеся, главным образом, на генах с наибольшей индивидуальной информативностью) и рассмотреть разработанный авторами подход к построению транскриптомных тест-систем, основывающийся на максимизации совокупной информативности системы генов. Для тест-систем из малого числа генов подход заключается в объединении полного перебора и метода опорных векторов с линейным ядром, в случае больших наборов применяется «жадная» оптимизация.
Предполагается, в частности, обсудить результаты апробации этого подхода на наборе образцов биопсий рака молочной железы и предстательной железы, а также на наборе образцов ксенографтов. В рамках апробации активно использовались ресурсы Суперкомпьютерного центра МГУ (супервычислители Ломоносов и Чебышев): объем проделанных вычислений превысил 50 000 процессоро-часов.
Аннотация: В докладе планируется напомнить понятие медицинской транскриптомной тест-системы, кратко обсудить клинические приложения транскриптомных тест-систем, описать существующие подходы к построению транскриптомных тест-систем (базирующиеся, главным образом, на генах с наибольшей индивидуальной информативностью) и рассмотреть разработанный авторами подход к построению транскриптомных тест-систем, основывающийся на максимизации совокупной информативности системы генов. Для тест-систем из малого числа генов подход заключается в объединении полного перебора и метода опорных векторов с линейным ядром, в случае больших наборов применяется «жадная» оптимизация.
Предполагается, в частности, обсудить результаты апробации этого подхода на наборе образцов биопсий рака молочной железы и предстательной железы, а также на наборе образцов ксенографтов. В рамках апробации активно использовались ресурсы Суперкомпьютерного центра МГУ (супервычислители Ломоносов и Чебышев): объем проделанных вычислений превысил 50 000 процессоро-часов.